Иссык-Кульская котловина входит в состав географической провинции Северного Тянь-Шаня (Киргизия), расположена на широте Сухуми — Батуми и на высоте 1608 м (уровень озера Иссык-Куль). Приозерная котловина вытянута с запада на восток на 240 км и имеет ширину в меридиане селения Тоссор около 75 км. Озеро Иссык-Куль тектонического происхождения, образовалось вследствие разломов, сбросов и прогибов земной поверхности; обширная часть ее опустилась и заполнилась водой, в то время как соседние участки поднялись на 3000—3500 м над уровнем озера и образовали горные хребты Терскей-Алатау (тюрк. "Пестрые горы, обращенные от солнца”) к югу и Кунгей-Алатау ("Пестрые горы, обращенные к солнцу”) к северу от озера. На востоке котловину замыкают обособленные возвышенности Чаар-Джон (2722 м) и Ала-Бель, а на западе — Кара-Коо и Кизыл-Омпол. Горное обрамление Иссык-Куля превращается на западе узким Боомским ущельем, по которому протекает река Чу. До Иссык-Куля Чу не доходит лишь 4 км, но соединяется с ним протоком Кутемалды, по которому иногда сбрасывает воду во время паводка. Длина Иссык-Куля 182 км, наибольшая ширина 58 км, средняя глубина 280 м, максимальная 702 м (примерно посредине озера, ближе к южному берегу), площадь 6206 км2. Среди озер мира, лежащих на высоте более 1200 м, Иссык-Куль занимает второе место, лишь немногим уступая по площади зеркала озеру Титикака в Южной Америке, а по глубине и объему воды стоит на первом месте. По площади Иссык-Куль занимает седьмое место среди озер Советского Союза, по глубине — третье (после Байкала и Каспия), по объему воды (1732 км3) превышает в 1,7 раза озеро Балхаш.